Попадались проблемы с прозрачностью были такие нюансы:
1. Если текстура dxt1 от наличие bMasked=1 и очень важно проверить правильность алфа канала.
2. Если dxt3-dxt5 которые часто входят в состав FinalBlend, в бленде надо налилие AlphaTest=true, TwoSided=true, AlphaRef=160, в спекуляре bAlphaTexture=true
3. Нарвался на проблемы с фотошоп плагином и так же паинтнет Неправильно определяют градации альфы и портят мипмапы, внимательно проверяйте итоговые ддс, и лучше использовать NVIDIA Corporation\DDS Utilities\nvdxt само правильно создает градации альфы.