Можно, как вариант, взять предыдущую версию (еще без твоих изменений) и считать ее как HEAD. Затем применить изменения и создать патч файл, который по факту будет отображать изменения относительно HEAD. А затем этот патч файл применить к следующей версии (+ решить конфликты).
Если бы мне надо было это сделать сейчас и без гугла, то я бы:
1. Закинул в папку предыдущую версию без изменений.
2. git init
3. git commit -m "Initial commit."
4. Копирую измененные файлы, куда надо.
5. Выделяю в JetBrains`овской IDE`шке нужные файлы во вкладке Commit и в меню Git выбираю Create Patch.
6. Иду в папку с новой версией от разработчика.
7. Применяю патч с помощью тех же инструментов, которые использовали для его создания. Возможно, перед применением патча нужно будет воспроизвести для этой версии 2-ой пункт.
Но уверен, что можно это как-то красивее сделать.