Читаю и поражаюсь... SQL зачем то приплели... Раз вопрос задан здесь, а не на форуме линуксоидов, то думаю вопрос касается java сервера и уже было выявлено что именно он создает нагрузку. Ну раз так то пишем в поисковике: "Инструмент для мониторинга JVM", выбираем то что лучше подходит и находим проблему.
Фризы могут вызвать и какие нибудь части самого сервера, к примеру какие-то задачи в нем слишком сильно потребляют процессорное время и т.д.
Тут уже только запуск под профайлером поможет и последующее изучение результатов в моменты фризов.