Так как имею опыт с лаунчерами, сам делаю лаунчер, который будет внедрен плагином в СферуВеб и набил лоб с проблемами на винде, скажу пару слов.
Прежде всего, Windows по-умолчанию относится к всему что может что-то скачивать из интернета с недоверием и такие файлы не любит, даже если защитник Windows говорит что файл не вирус, он всё равно может его блочить из-за определенных настроек.
Как правило, подавляющее большинство проблем решиться сама собой, просто лаунчер будет обладать цифровой подписью.