Путь до checkserver, для bukkit сервера находится в классе ThreadLoginVerifier.class.
Путь в котором меняется папка .minecraft находится в Minecraft.class (обратите внимания, название папки .minecraft пишется именно с маленькой буквы не с большой, очень часто путают их и меняют не то что нужно). Внимание в версии 1.6.2 путь указывается в строке запуска игры, minecraft.class больше не...