По поводу анти ддос про, любой проект который занимается защитой от ддос, испытывает подобные проблемы это нормально.
4. Правильно настроить доступ к базе, запретить лишние SELECT, INSERT, UPDATE, не сидеть от рута в базе (у MySQL нет базовой защиты от случайного дропа базы, можешь СЛУЧАЙНО...