Если так на вскидку, то:
MySQL бесплатный и подходит больше для задач, где структура не особо большая, для сайтов, небольших веб-приложений и ты.пы. Конечно же если прямые руки, можно попробовать замахнутся и на базу с большими структурами и объёмом данных.
MS SQL более мощнее, работает с...