Тот кто вам подсказал делать сверку по md5 - ваш враг.
Вам стоит изучить этот вопрос и оставить эту глупость. Для примера, у меня сверка всех файлов клиента, занимает секунды (причем, есть ещё идеи уменьшения скорости сверки), md5 слишком медленный для таких целей.