Если программа Notepad++ сообщает об ошибке, что файл уже открыт в другой программе, хотя он нигде не открыт, то можно попробовать следующие решения:
Перезапустите компьютер и откройте только Notepad++, а затем откройте нужный файл и попытайтесь его сохранить.
Проверьте, не открыт ли файл на...