Результаты поиска по запросу: *

Да в принципе catch(ArrayIndexOutOfBoundsException e) и есть обработка ситуации, в которой он пуст. Но ты указываешь это как проблему. Если суть именно в выскакивающем окне в клиенте, то смотри, как влияет работа скрипта в catch и после него на ответ клиенту, видимо отправляется какой-то кривой...

И? Может все-таки укажешь, и потом уже кинешь код? Еще раз повторяю: mBypass[2] не существует, если эдит пуст. Проверяй mBypass[2] на существование, либо mBypass на длину, и в случае успеха выполняй свои действия.

С каких пор substring() может кинуть ArrayIndexOutOfBoundsException?)

Ну так ArrayIndexOutOfBoundsException же. Т.к. твой эдит пуст, элемента mBypass[2] не существует.