Таймауты в мускл для л2 сервера плохая идея, уберите их. И лучше вернуть именно настройки по умолчанию. Они, конечно, не заточены под живой проект, но когда их меняют наобум, ситуация может оказаться ещё хуже...
Убунта в целом такое себе, лучше дебиан 9 используйте, более стабильные версии ПО у...