Вы в курсе, что Java, по сути, это просто папка с файлами? Вы можете запускать конкретный вызов Java из конкретной папки, просто прописав нужный путь.
Т.е вместо вызова по короткому имени, которое потом сопоставляется в системных переменных, с прямо указанным путем, вроде такого:
java -jar...