При таких нагрузках скорее придется учитывать вычислительную мощность серверного железа, настройки/оптимизацию базы, репликация, подготовленные и кэшированные запросы и прочие аспекты.
Mysql достаточно гибок в настройке и управлении. Не знаю как там в mssql, ибо стараюсь избегать продукцию...