Разница только в том насколько много приблуд есть для того или иного дистрибутива, как пример базы данных есть мускул, перкона, марияДБ не для всех ос, поэтому надо смотреть что именно вам подойдёт, а для сервера л2 в принципе без разницы. Поэтому ставьте то что вам ближе и удобнее, главное чтоб...