@qlzpam, можно попробовать mysqltuner. Запускать его периодически, и он будет давать рекомендации по настройкам отталкиваясь от текущего состояния базы.
Примерный вывод
>> MySQLTuner 1.8.3 - Major Hayden <major@mhtx.net>
>> Bug reports, feature requests, and downloads at...